在測(cè)序文庫(kù)的構(gòu)建方法,單端測(cè)序和雙端測(cè)序區(qū)別還是有的
更新時(shí)間：2021-12-10 點(diǎn)擊次數(shù)：1203
Roche 454，Solexa和ABI SOLID均有單端測(cè)序和雙端測(cè)序兩種方式。在基因組De Novo測(cè)序過(guò)程中，Roche454的單端測(cè)序讀長(zhǎng)可以達(dá)到400p，經(jīng)常用于基因組骨架的組裝，而Solexa和ABI SOLID雙端測(cè)序可以用于組裝scaffolds和填補(bǔ)gap。以solexa為例，單端測(cè)序(Single-ead)和雙端測(cè)序(Paied-end及Mate-pai)還是有區(qū)別的。
Single-ead、Paied-end和Mate-pai主要區(qū)別在測(cè)序文庫(kù)的構(gòu)建方法上。
1、Single-ead單端測(cè)序首先將DNA樣本進(jìn)行片段化處理形成200-500p的片段，引物序列連接到DNA片段的一端，然后末端加上接頭，將片段固定在flowcell上生成DNA簇，上機(jī)測(cè)序單端讀取序列。
2、Paied-end單端測(cè)序方法是指在構(gòu)建待測(cè)DNA文庫(kù)時(shí)在兩端的接頭上都加上測(cè)序引物結(jié)合位點(diǎn)，在第一輪測(cè)序完成后，去除第一輪測(cè)序的模板鏈，用對(duì)讀測(cè)序模塊(Paied-End Module)引導(dǎo)互補(bǔ)鏈在原位置再生和擴(kuò)增，以達(dá)到第二輪測(cè)序所用的模板量，進(jìn)行第二輪互補(bǔ)鏈的合成測(cè)序。
3、Mate-pai雙端測(cè)序文庫(kù)制備旨在生成一些短的DNA片段，這些片段包含基因組中較大跨度(2-10k)片段兩端的序列，更具體地說(shuō)：首先將基因組DNA隨機(jī)打斷到特定大?。?-10k范圍可選）；然后經(jīng)末端修復(fù)，生物素標(biāo)記和環(huán)化等實(shí)驗(yàn)步驟后，再把環(huán)化后的DNA分子打斷成400-600p的片段并通過(guò)帶有鏈親和霉素的磁珠把那些帶有生物素標(biāo)記的片段捕獲。這些捕獲的片段再經(jīng)末端修飾和加上特定接頭后建成mate-pai文庫(kù)，然后上機(jī)測(cè)序。
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